演化論科學家最難回答的問題

1) 不可化約的複雜性，以及整合零件之謎

細菌鞭毛、功能挪用，以及缺席的逐步證據
我們直接面對演化論者最難回答的問題，也就是至今仍在激烈爭論的重點。畢竟，科學的本質就是懷疑。

半隻眼睛沒有用

天擇只讓有用的變異存活下來。問題就從這裡開始。
以一個需要20個零件的系統為例。有些研究指出，某些零件在中間階段可能已經有功能了。這是演化論的反駁。但那不是重點。真正的問題是，一整台複雜的生物機器是經過哪些步驟才完成的，至今仍然沒有完全釐清。
細菌鞭毛正是這樣的案例。它是由40多種蛋白質精密組合而成的旋轉馬達。演化論那一方回應說「原本做其他工作的零件組合在一起了」，這叫做功能挪用。邏輯上沒問題。但它們如何被整合成一個40個零件精確吻合的系統，逐步的實驗證據在哪裡？目前還沒有。

2) 寒武紀大爆發，以及漸進演化論的修正

幾乎所有主要動物門類一次出現，以及間斷平衡的爭論

幾乎所有的東西，都在五億四千萬年前的一個「早晨」出現了

在地質上幾乎是一瞬間的時間裡，今天地球上幾乎所有主要的動物門類，都一起出現在化石紀錄中。這就是寒武紀大爆發。
達爾文自己在《物種起源》中也承認了這個問題。後來雖然發現了埃迪卡拉生物群等前寒武紀的生命，但它能否完全解釋寒武紀爆發性的出現速度，仍有爭論。如果漸進演化是對的，為什麼會集中在這麼短的時間內？這個問題仍然沒有解答。
演化論用間斷平衡來回應：演化不只是緩慢進行，有時也會快速跳躍。但等一下。這不就是對達爾文漸進論的修正嗎？是理論升級了，還是承認了原版的極限？兩者都是。

3) 生物資訊的起源，以及RNA世界的極限

DNA類似語言的資訊，以及建造第一個細胞的問題

DNA不是化學，而是語言

現在來到真正沉重的問題。
DNA不只是化學物質的組合。它是被編碼的資訊，像語言一樣有意義。有些案例中，資訊會透過基因複製或突變而增加。這是演化論的反駁。但那不是重點。真正的問題是，一套複雜的生物資訊系統最初是怎麼開始的，至今仍然沒有完全解釋。
打個比方。如果猴子永遠在打字機上打字，也許有一天會打出莎士比亞的《哈姆雷特》。但問題是，運行這段文字所需要的作業系統——細胞本身——是怎麼同時出現的。演化論用RNA世界假說來回答。它有它的邏輯。但它從來沒有在實驗室裡被完整重現過。

4) 缺失環節，以及無法解釋的意識

關鍵轉折點的過渡化石很少，以及超越物質演化的心靈

化石沉默，意識無法解釋

缺失環節的問題仍在持續。已經找到了不少中間型化石。即使如此，顯示決定性轉變的化石，特別是從無脊椎動物到脊椎動物的，比預期的少。如果生命在幾百萬年間改變，中間形態不是應該遠遠多於完成形態嗎？這個問題仍然成立。
然後是真正的最終大魔王：意識。
一個物質的演化過程，是如何產生「我現在正在讀這篇文章」這種主觀經驗的？神經網路產生意識的說法，描述的是一種相關性。連神經科學家都還不知道其中的因果機制。自由意志、道德判斷、美感：這些能不能只用物質演化來解釋，是一個超出演化論本身領域的問題。而這本身就是問題所在。

結論：美國的演化論爭論，以及分歧的輿論

法院對宗教的判決，以及顯示科學和信仰並存的民調
這裡有一個有趣的事實。美國法院從來沒有判決創造論是錯的。
它們只判決創造論不能在公立學校的科學課上教。

理由很簡單：創造論被判定為宗教主張，而不是科學理論。
所以美國社會至今仍然分歧。民調大致顯示：

只相信演化論：大約40%
相信由神引導的演化：大約30–40%
創造論：大約20–30%

世界的科學超級強國，同時也是一個非常虔誠的國家。這就是為什麼演化論的爭論在美國持續不斷。